Ce qui est fait la fierté de Manabu Yûki et de son grand frère Mamoru est Wataru, leur père, qui est chef de la section de Sirius de la force de défense des trains de l'espace (SDF). Un jour, le train spécial de l'escadron SDF de Sirius, le 001 (Big One) dans lequel se trouve Wataru, fait un détour sur la planète Tabito. C'est l'occasion de retrouvailles pour le père et ses fils. Cependant, ce repos n'est que de courte durée car le Big One reçoit l'ordre de décoller d'urgence pour porter secours au train 707. Attristés par le départ de leur père, Manabu et Mamoru montent secrètement à bord du Big One et s'envolent pour l'univers plein de dangers. Juste après avoir porté secours au train, le Big One fait face à l'attaque d'une flotte spatiale...