Manabu, qui a réussit l'examen d'entrée dans la force de défense des trains de l'espace (SDF), parvient à convaincre Kanna, sa mère, de le laisser partir et fait ses adieux à Tabito, sa planète natale. Manabu monte à bord du train 550 pour atteindre la planète Destiny qui est la gare de départ de tous les Galaxy Express ainsi que le quartier général du SDF. C'est dans un wagon qu'il rencontre par hasard Louis qui s'apprête elle aussi à intégrer le SDF. Tout à coup, le train qui emmène Manabu et Louis perd le contrôle et est aspiré dans une distorsion de l'espace-temps appelé "nœud du temps". Ils remontent le temps et atterrissent dans le désert de la planète Hakumei 5 ans auparavant. C'est là que Manabu rencontre Mamoru son grand frère qui combattait des pirates de l'espace il y a 5 ans...