La section de Sirius est mobilisée sur la planète Rio Grande où un train de marchandises s'est écrasé. Mais c'est un piège tendu par le pirate de l'espace Gai Sander qui s'empare du Big One, train spécial de la section de Sirius. Pour éviter que les pirates de l'espace ne fassent une mauvaise utilisation du Big One, le centre de contrôle des Galaxy Express ordonne sa destruction. Mais Manabu s'oppose à ces ordres et vole seul au secours de son collègue David, retenu prisonnier à l'intérieur du Big One...