La peine de Manabu est levée. Nos héros apprennent que les terroristes responsables de la destruction du wagon ont quitté la planète Destiny le même jour. Le Big One part à la rescousse du train qui semble être la prochaine cible des attaques terroristes. La brigade de Sirius découvre les explosifs et procède à leur neutralisation, tandis qu'un terroriste armé s'introduit dans le centre de contrôle des Galaxy Express et tombe nez à nez avec Laylla dans la salle de contrôle. Le terrorisme, animé par son ressentiment envers les Galaxy Express, menace de se faire exploser avec les Galaxy Express, à l'aide d'une pile atomique...