サルガッソ海から放たれた3番目の信号を調査するべく、アルカディア号は地球に引き返した。そこで待ち受けていたマゾーンの刺客・魔女アマンは、1945年当時の旧日本軍艦隊を使って攻撃を開始する。その摩訶不思議な現象に疑問を抱いたハーロックは、事の真相を探るべく海底調査を開始。そこでマゾーンの基地を発見した。しかし内部ではアマンが待ち構えており、一日が地上の一年に相当する基地内でクルーの全員が眠らされてしまう。このままでは、起きた頃には地球は侵略された後…。しかしひとりでに動き出したアルカディア号に助けられ、どうにか脱出する。