ときは未来、人類はからだを機械化し、永遠の命を手に入れた。生身のからだを持つ者は少なく、鉄郎はその一人だった。
鉄郎は、遠い宇宙のかなたに、タダで機械のからだをくれる星があると聞き、美しいなぞの女性メーテルと一緒に銀河超特急999号に乗り込んだ。
999号は見た目は蒸気機関車だが、コンピューターなどの最新技術を取り入れた高速旅客列車。
現在位置は銀河系内75万光年。ここ数日、窓の外に輝く星をながめるだけの鉄郎は退屈していた。そんな鉄郎に、メーテルが「ひとつとして同じ星はないの。私たちの顔が一人ひとり違うように。」と優しく話しかける。
突然車内に光は走った。そして現れたのは、惑星クロノルナからテレポートしてきたアンドロイドのエターナルであった。
クロノルナの人々は、その星に住む全生命のDNA情報をエターナルに託して滅んでいったというのです。惑星クロノルナに、いったい何が起きたのでしょうか?