SUBMARINE SUPER 99

西暦20XX年。
日本海溝付近では原因不明の海難事が続いていた。
事故へ関与していると思われる「海洋帝国」の謎を確かめるべく、政府から極秘の依頼を受けた沖海洋研究所 所長沖重造と副所長の沖五郎は、調査中に謎の潜水艦から攻撃を受け行方不明になってしまう。出発の直前、重造の孫であり五郎の弟でもある高校生の沖進は、二人からそれぞれ「99」と彫られた研究所の地下工場の鍵と“99式歩兵銃”を改良したライフルを渡されていた。