1978年秋、フジテレビで放送されるや世代を超えて熱狂的ブームを巻き起こした松本零士の「銀河鉄道999」。その宇宙を舞台にした壮大な旅物語は、世代を超えて人々の心を揺さぶった。あれから、四半世紀―。銀河鉄道がまったく新しい作品となって甦った。その名は「銀河鉄道物語」。
画業50周年を迎えた松本零士の集大成が遂に結実、"無限の宇宙"という計り知れないスケールと"そこに潜む神秘"を描き出すスペースオデッセイがここに誕生した。
物語のはじまりは、宇宙の中心と言われる星。銀河鉄道のすべての始発駅ディスティニー。父と兄の遺志を引き継いで、空間鉄道警備隊(SDF)に入隊した主人公"有紀 学"父の部下であった隊長のバルジ、クールで冷静なブルース、いつも陽気なデイビッド、同期入隊のルイ、そして医療用セクサロイドのユキといったシリウス小隊のメンバーと共に、学は銀河鉄道を脅かす数々の事件を乗り越え、一人前のSDF隊員として成長していく。SDFを統括する謎の美女、レイラ・ディスティニー・シュラ。人や惑星の運命を見通す力を持つ彼女の瞳に、果たして学の運命はどう映っているのだろうか。
"運命"は自分自身が変えるもの、"明日の幸せ"は自分の力で掴むもの…。そして今銀河鉄道に最大の危機が訪れる…。