西暦2977年。人類は宇宙に進出するまでの科学技術を得て、ロボットによる惑星開拓、食糧生産などでこれまでにない飽食の時代を迎えていた。人々は政府から衣食住のすべてを提供され、催眠音波が仕込まれたテレビ映像によって反乱の意思を持たないよう飼いならされる。それにより政府の高官までも職務を放り出して競馬や娯楽に興じる日々を送っていた。 宇宙海賊として地球全域にその名が知れ渡るキャプテン・ハーロックは、すっかり腑抜けた地球に危機感を覚えた唯一の人物。彼の言葉に耳を貸すのは、ハーロックが指揮する宇宙船「アルカディア号」のクルー以外はなく、「大いなる反乱者」として地球連邦政府警備隊の切田長官に目のかたきにされていた。そんな時、天文学者が次々と暗殺されるという事件が発生する。地球連邦はこれをハーロックの仕業と考えるが、それはまったくのえん罪だった。ハーロックだけは感じる、地球を何者かが狙っていると…