「自由」を求める大宇宙へ旅立った鉄郎と謎の美女メーテル。
二人を乗せた銀河鉄道999は、アンドロメダ大銀河へむけ、今日もひた走っていた。
やがて999の行く手には、七つの太陽の七色の光に照らされた虹の惑星「プリズナート」が現れる。
その美しさに感動する鉄郎。
だがこの星は、独裁的大統領アコギャストルによって創られた「楽園法」またその名を「平等法」によって、姿形はおろか全ての自由を奪われた、監獄のような星だった。
そんな星で鉄郎とメーテルは、「自分の造った宇宙船で、自由に宇宙を駆け巡ること」を夢見る少女「ユマ」と出会う。
プリズナート星は七つの太陽の影響で重力が弱く、そこに暮らすプリズナート人は、宇宙でもっともか弱い人々だったため、とても恒星間宇宙船で過酷な旅には耐えられない。
その上、「楽園法」に支配されたプリズナートに暮らすユマにとって、自分の夢を追うことは、許されることではなかった。
そんな中で懸命に夢を追いつづけてきたユマに鉄郎は、弱い共感を持ち、ユマも初めて出来た「夢を語り合うことの出来る友達」として鉄郎に好意を抱く。
しかし、プリズナートの裏側には、そんなささやかなユマの夢さえも打ち砕く巨大な陰謀が蠢いていた。
アコギャストルは機械化帝国と手を結び、この星の住民を、全て機械化人と入れ替えてしまおうと考えていたのだ。
そんなアコギャストルの補佐官になってしまった父。
運命の十六歳の誕生日、ユマは決然と平等法に抵抗する。
「決して夢は諦めない!」
ユマの叫びが鉄郎を走らせる!
その時テオ教授は、そしてメーテル…